My github page
رستم عبداللهی |
۲۳ اردیبهشت ۱۳۹۹

According to the most common inquiries from my students and colleagues, I decided to organize my github page (https://github.com/rostamabd) and would like to share with you six different repositories. These repositories include:

  • Next Generation Sequencing Work-Flow
  • Adding genomic evaluation (BayesB) to the QMSim program as an executable external Rscript file
  • Post- processing of Random Regression results estimated by BLUPf90: An example of test-day milk yield data in dairy cattle
  • Simulation of additive and non-additive effects (Dominance and Epistasis effects) for generating the phenotypes of complex traits
  • Single- and multiple-trait Infinitesimal model simulation. In the multiple-trait simulation, the selection of the best individuals is based on the Selection Index and in the single trait model is based on the true breeding values
  • Converting a non-positive definite (co)variance matrix to the nearest positive definite matrix

These modules are provided for training purpose. In case you are going to use them in your research, the author accepts no responsibility for the accuracy of results obtained using any of the modules.

https://github.com/rostamabd

براساس سوالات و مشکلاتی که دانشجویان و اساتید و محققان محترم به کرات در هنگام تحقیقاتشون در ژنتیک کمی درگیر میشوند و معمولا جزه درخواست های متداولی هستند که در سال های اخیر از طریق ایمیل و یا social media دریافت میکردم را به صورت ماژول های مختلف مرتب کنم و از طریق github در اختیار عموم قرار دهم. این ماژول ها شامل:
۱- Work-flow آنالیز داده های NGS گاو شیری
۲- شبیه سازی صفات کمی با معماری افزایشی، غالبیت و اپیستازی با استفاده از برنامه R
۳- اضافه کردن ارزیابی ژنومیک به برنامه QMSim به صورت یک فایل اجرایی تحت R
۴- برآورد ارزش های اصلاحی برای هر روز و کل دوره شیردهی در گاوهای شیری در آنالیز رگرسیون تصادفی با استفاده از خروجی های برنامه BLUPf90
۵- تبدیل ماتریس های واریانس و کواریانس ژنتیکی و غیر ژنتیکی از حالت non-positive definite به positive-definite با استفاده از برنامه R

۶- شبیه سازی تصادفی تک صفته و چند صفته

فایل ها و راهنمای اجرای هر ماژول در آدرس github زیر قابل مشاهده است.
https://github.com/rostamabd
در صورتی که پیشنهادی دارید و یا در هنگام اجرای برنامه ها به خطایی برخورد کردید لطفا از طریق ایمیل آدرس بنده که در انتهای فایل README هست تماس بگیرید.

 
avatar