Public aniaml genomic and phenotypic databases (داده های ژنومی و فنوتیپی حیوانی قابل دسترس)
رستم عبداللهی |
۲۳ دی ۱۳۹۸

For celebrating the 12 anniversary of my website/Weblog, I would like to provide you some links to the freely accessible Genomics and phenotypic data. Please remember that if you use these data in your research, it is required to cite the original data sources and articles.

Data in the below databases are partly freely available under a Creative Commons License including SNP datasets from Holstein (50k and HD density), may in the future, some of link will be removed or deactivated.

I would like to thank Dr Arash Javanmard, Dr Hossein Mohammadi and Seyavash Ardestani for helping me in preparing this post.

You are welcome to contact me and provide new websites or links for accessing to the public data.

 

Species Web link
Multiple Species http://widde.toulouse.inra.fr/widde/
Multiple Species https://www.ebi.ac.uk/ena

NGS data, RNAseq data, you need to find the “accession number” from published papers or from different databases

Chicken https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2018.00229/full#supplementary-material
Bull data https://figshare.com/articles/semen_trait_gwas/7562510

 

Multiple Species https://datadryad.org/search

Write the name of your species in the search box and press search button.

Multiple Species https://www.animalgenome.org/repository/

 

map files, annotation files and .. are available

Multiple Species http://bioinformatics.tecnoparco.org/SNPchimp/index.php/links

SNP chip information and converting the map files from different sources is available.

Russian cattle breeds https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.fr88s7f
Swedish native cattle breeds https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.wdbrv15j4
Pig Data: Genotype and phenotype https://www.g3journal.org/content/suppl/2012/04/06/2.4.429.DC1

Click on File S1 link.

Cattle, Sheep and Goat: whole genome sequencing and genotyping microarrays http://projects.ensembl.org/nextgen/
۱۰۰ German Holstein
cattle
https://datashare.is.ed.ac.uk/handle/10283/3040

 

دوستان، دانشجویان و همکاران گرامی

به مناسبت ۱۲ همین سالگرد ایجاد وبلاگ ژنتیک و اصلاح نژاد دام (http://geneticz.ir/) بر آن شدیم که لیستی از وبسایت­های که اطلاعات ژنوتیپی و فنوتیپی داده های حیوانی را به صورت آزاد در اختیار عموم میگذارند را معرفی کنیم.

با توجه به هزینه زیاد تولید داده های ژنومی با استفاده از SNP ships، GBS، whole genome و Exome sequencing وRNA seq، Microaary یا target sequencing در حال آماده سازی لیستی از دیتابیس ها و آدرس هایی که داده های ژنومی مربوط به گونه های مختلف را به صورت آزاد در اختیار عموم قرار داده اند هستم، اگر دوستان و همکاران لطف کنند سایت یا لینک و یا مقاله ای که اینچنین داده ها را در دسترس عموم قرار داده اند را می شناسند لینک دسترسی را لطف کنند برای بنده بفرستند تا همگان بتوانند در کارهای آموزشی و پژوهشی خود از آنها بهره ببرند. لطف نام گونه، نوع داده و سال انتشار و لینک دسترسی و همچنین سایر اطلاعات اضافی که لازم است نویسنده از انها مطلع شود را نیز ذکر بفرمایید.

از همکاران و دوستانی از جمله دکتر آرش جوانمرد، دکتر حسین محمدی و مهندس سیاوش اردستانی و مهندس محمد قریشی فر که لطف کردند آدرس سایت ها را برام فرستادم تشکر و قدردانی میشود.

 
avatar
2 Comment threads
2 Thread replies
0 Followers
 
Most reacted comment
Hottest comment thread
2 Comment authors
رستم عبداللهیسیدمحمد قریشی فر Recent comment authors
جدیدترین قدیمی ترین بیشترین رای
سیدمحمد قریشی فر
سیدمحمد قریشی فر

این مقاله که خودم در حال استفاده از داده هاش هستم (سلکشن سیگنچر) رو براتون شیر کردم که شامل ژنوتیپ های ۹ نژاد گاو سويدی می باشد (هر کدام حدود ۱۵ تا ۲۵ نمونه) که با اسنیپ ۱۵۰ کی تعیین ژنوتیپ شده اند.

عنوان مقاله
Genomic relatedness and diversity of Swedish native cattle breeds

نام مجله
Genetics Selection Evolution

سال انتشار
۲۰۱۹

لینک مقاله
https://gsejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12711-019-0496-0

لینک دانلود داده ها
https://datadryad.org/stash/dataset/doi:10.5061/dryad.wdbrv15j4

با احترام

سیدمحمد قریشی فر
سیدمحمد قریشی فر

همچنین این مقاله که شامل داده های ژنوتیپ گاوهای نژاد روسی، آسیایی شامل هانوو و … و چند نژاد اروپایی می باشد که داده هاش در دسترس هست.

عنوان مقاله
Scans for signatures of selection in Russian cattle breed genomes reveal new candidate genes for environmental adaptation and acclimation

نام مجله
Scientific Reports

سال انتشار
۲۰۱۸

لینک مقاله
https://www.nature.com/articles/s41598-018-31304-w

لینک دسترسی و دانلود داده ها
https://doi.org/10.5061/dryad.fr88s7f

با احترام